diff --git a/api-v3/src/cli/fresh-start-reset.ts b/api-v3/src/cli/fresh-start-reset.ts
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--- a/api-v3/src/cli/fresh-start-reset.ts
+++ b/api-v3/src/cli/fresh-start-reset.ts
@@ -16,10 +16,13 @@ const PRESERVED_TABLES = new Set([
   'asset_types',
   'asset_type_parent_rules',
   'asset_attribute_definitions',
+  'administrative_departments',
   'finding_categories',
   'finding_catalog_items',
+  'finding_catalog_item_versions',
   'finding_catalog_item_asset_types',
   'finding_catalog_asset_type_profiles',
+  'institutional_delivery_settings',
 ]);
 
 type AdminRow = {
@@ -147,12 +150,19 @@ async function main(): Promise<void> {
     }
 
     await migrationDataSource.transaction(async (manager) => {
+      // Los datos operativos se eliminan con triggers de FK desactivados porque
+      // la limpieza vacía el grafo completo y el orden físico de tablas no importa.
       await manager.query(`SET LOCAL session_replication_role = replica`);
 
       for (const table of tablesToClear) {
         await manager.query(`DELETE FROM public.${quoteIdentifier(table)}`);
       }
 
+      // Antes de tocar usuarios reactivamos las FK. De esta manera cualquier
+      // referencia desde configuración preservada ejecuta su ON DELETE real
+      // (SET NULL/CASCADE) o aborta toda la transacción si fuera RESTRICT.
+      await manager.query(`SET LOCAL session_replication_role = origin`);
+
       await manager.query(
         `DELETE FROM user_roles WHERE user_id <> $1::uuid`,
         [admin.id],
@@ -224,7 +234,7 @@ async function main(): Promise<void> {
     process.stdout.write('\n========== VERIFICACIÓN FRESH START ==========\n');
     process.stdout.write(`Usuarios: 1 (${admin.username})\n`);
     process.stdout.write('Datos operativos/importados: 0\n');
-    process.stdout.write('Roles/permisos/tipos/catálogos estructurales: conservados\n');
+    process.stdout.write('Roles/permisos/tipos/catálogos/configuración estructural: conservados\n');
     process.stdout.write('FRESH_START_OK\n');
   } finally {
     if (migrationDataSource.isInitialized) {